Il Patriarcato d’Aquileia affonda le radici nell’importanza primaziale della Chiesa e della città di Aquileia, che per secoli fu il centro gravitazionale della provincia romana Venetia et Histria. La Chiesa in Aquileia si organizzò in modo definitivo perlomeno dalla metà del III secolo; fu qualificata da numerosi martiri, da vescovi insigni per santità e parola. Dal IV secolo in poi Aquileia, pur nel progressivo esautorarsi dell’impero romano, espresse una fervida e generosa vita cristiana, di cui furono protagonisti insieme con i santi vescovi Valeriano, Cromazio, anche note personalità come lo storico ed esegeta Rufino e il poliedrico Girolamo
Quantunque non si conoscano esattamente quali siano stati i primordi del cristianesimo in Aquileia, il legame di comunione con la Chiesa di Roma e con l’impero romano d’oriente trova espressione in quella tradizione, accreditatasi dal VI secolo in avanti -da quando cioè la Chiesa aquileiese si era trasferita sulle lagune di Grado- che ne attribuisce l’evangelizzazione a san Marco, inviato nei territori dell’alto Adriatico dall’apostolo Pietro. Si narra che Ermacora su presentazione dell’evangelista Marco fu consacrato primo vescovo dallo stesso Pietro. Dopo il suo martirio assieme al diacono Fortunato è celebrato quale patrono della diocesi aquileiese.
Nei secoli successivi, e per oltre un millennio fino alla sua destituzione nel 1751, la Chiesa patriarcale di Aquileia -la cui diocesi si estendeva in territorio non solo italico, ma soprattutto in quello sloveno e in parte anche austriaco- fu centro di riferimento ecclesiale per numerose diocesi nell’Italia padana, tanto che Aquileia fu considerata la seconda Chiesa per importanza dopo Roma.
Dopo che gli Unni di Attila nel 452 distrussero la città romana, la sede patriarcale si trasferì a Grado. Successivamente le sorti della Chiesa aquileiese seguirono l’evoluzione complessa e drammatica dei regni e degli imperi che via via composero la fisionomia storica e politica di queste contese terre orientali d’Italia. Si determinò pertanto una Chiesa aquileiese marittima e lagunare, detta poi patriarcato di Grado che, gravitante dapprima verso l’impero bizantino, fu dal 1451 assorbito dalla potenza di Venezia e dette origine all’odierno patriarcato lagunare.
La Chiesa aquileiese del retroterra italico e alpino entrò, invece, a far parte dei territori dell’impero germanico. Dal 1077 parte del territorio diocesano fu organizzata in istituzione politico amministrativa che venne sopraffatta nel 1420 dalla potenza di Venezia. Varie furono le sedi del patriarcato di terraferma: dopo Aquileia, il castello di Cormòns, e quindi dal 737, durante il regno longobardo e l’impero franco, la città di Cividale; qui, su mandato imperiale, operò il santo patriarca Paolino.
Il patriarca Poppone, agli inizi dell’impero germanico, rinnovò Aquileia facendovi edificare il palazzo, dove i patriarchi e la loro curia risedettero fino agli inizi del XIII secolo.
Bertoldo di Merania nel 1222 trasferì definitivamente la sede a Udine conservando però il titolo di Patriarca di Aquileia.
Insidiato dalle potenze esterne quali l’Austria, l’Ungheria, gli Scaligeri, i Veneziani, lo stato patriarcale fu conquistato dalla serenissima Repubblica di Venezia, per essere aggregato ai possedimenti veneti dal 1420 fino al 1797. L’autorità secolare del Patriarcato passò nelle mani delle magistrature venete riconoscendo al Patriarca la sola cura delle anime e il governo di alcuni feudi (San Vito, San Daniele, Pavia di Udine, Percoto e Trivignano).
L’ampia parabola del Patriarcato d’Aquileia conobbe il suo ultimo momento di gloria con i suoi due ultimi patriarchi Dionisio Delfino (1699/1734) e il cardinale Daniele Delfino (1734/1760). Il patriarca Dionisio si adoperò per dotare il patriarcato di una sede rinnovata adeguando architettonicamente l’edificio, affidando la decorazione ad affresco al giovane Giambattista Tiepolo, e soprattutto predisponendo una monumentale Biblioteca che dotò di 9000 volumi di vari argomenti su tutte le scienze allora coltivate. Successivamente, il nipote Daniele promosse l’istituzione dell’Archivio della Curia patriarcale e la costruzione di una sala annessa al Palazzo.
Pochi anni dopo, il 6 luglio 1751, la bolla pontificia Iniuncta nobis di Benedetto XIV soppresse definitivamente il Patriarcato d’Aquileia e al suo posto furono istituite l’ Arcidiocesi di Udine, il 19 gennaio 1753, e quella di Gorizia, il 18 aprile 1752. I compiti pastorali furono dal papato assegnati all’arcidiocesi di Gorizia per la parte relativa al territorio imperiale, all’arcidiocesi di Udine per quella rientrante nei domini della Serenissima.